De antivirusmodule combineert een aantal functies die voorkomen dat ongewenste of potentieel gevaarlijke bestanden het netwerk binnenkomen. Deze functies werken op verschillende manieren, zoals het controleren van de bestandsgrootte, de naam, het bestandstype of de aanwezigheid van een virus- of greyware-handtekening. Daarbij hebben alle antivirusmechanismen gelijktijdig toegang tot het verkeer, zodat veel handelingen vrijwel gelijktijdig kunnen plaatsvinden. Dit verhoogt de prestaties van de antivirusmotor aanzienlijk.

• High Peformance AntiVirus: Fortinet's geoptimaliseerde anti-virus technologie maakt gebruik van een combinatie van handtekening en heuristische detectie modules om gelaagde, real-time bescherming te bieden tegen meerdere vormen van aanvallen. Extreem hoge systeemprestaties worden bereikt door het gebruik van FortiASIC's geïntegreerde Content Processor (CP) samen met gepatenteerde Fortinet-technologie bekend als CPRL of Content Pattern Recognition Language, voor versneld scannen van virusbestanden en heuristische / anomalie detectie.
• AntiVirus technieken: Afhankelijk van het vereiste beschermingsniveau kunnen verschillende instanties worden geactiveerd om inkomende gegevens te scannen op malware. Er wordt onderscheid gemaakt tussen patroonscan, grayware-scan en een heuristische analyse. Terwijl de eerste twee procedures controleren op bekende virusdefinities, kunnen de laatste ook mutaties van bekende virussen of volledig nieuwe virushandtekeningen opsporen.
• Real-time updates: De efficiëntie van een antivirusoplossing wordt niet alleen gemeten aan de hand van de verwerkingscapaciteit of het detectiepercentage, maar ook aan de hand van de snelheid waarmee handtekeningupdates binnenkomen. Via het FortiGuard Distribution Network (FDN) wordt deze informatie voortdurend bijgewerkt en in real time verstrekt. Dit proces verloopt automatisch en vereist geen tussenkomst van de beheerder. Ter vergelijking: de Fortinet AV-engine behoort consequent tot de top 5 van antivirusleveranciers.